Будучи энтузиастом биологии и студентом, изучающим компьютерные науки, я дошел до того, что подумал о том, чтобы связать биологию с программированием, и это привело меня к знакомству с «БИОПИТОНОМ». Этот обзор будет основан на общих аспектах того же самого.
Проект Biopython — это международная ассоциация разработчиков свободно доступных инструментов Python (http://www.python.org) для вычислительной молекулярной биологии. Python — это объектно-ориентированный интерпретируемый гибкий язык, который становится все более популярным для научных вычислений. Python прост в изучении, имеет очень понятный синтаксис и может быть легко расширен модулями, написанными на C, C++ или FORTRAN. Веб-сайт Biopython (http://www.biopython.org) предоставляет онлайн-ресурс для модулей, сценариев и веб-ссылок для разработчиков программного обеспечения на основе Python для использования и исследований в области биоинформатики. По сути, цель Biopython — максимально упростить использование Python для биоинформатики за счет создания высококачественных повторно используемых модулей и классов.
Итак, возникает вопрос, чем на самом деле занимается Biopython и насколько это важно с точки зрения биоинформатика.
Функциональные возможности следующие:
- Возможность анализировать файлы биоинформатики в пригодные для использования структуры данных Python, включая поддержку следующих форматов:
— Вывод Blast — как из автономной версии, так и из WWW Blast
— Класталь
— ФАСТА — GenBank
— PubMed и Medline
— файлы ExPASy, такие как Enzyme и Prosite
— SCOP, включая файлы «dom» и «lin»
— UniGene
— SwissProt
• Код для работы с популярными онлайн-направлениями биоинформатики, такими как:
— NCBI
– сервисы Blast, Entrez и PubMed
— ExPASy
— записи Swiss-Prot и Prosite, а также поисковые запросы Prosite
• Интерфейсы для общих программ биоинформатики, таких как:
— Автономный выпуск от NCBI
— Программа выравнивания Clustalw
— Инструменты командной строки EMBOSS
• Стандартный класс последовательности, который имеет дело с последовательностями, идентификаторами последовательностей и функциями последовательностей.
- Инструменты для выполнения общих операций с последовательностями, таких как перевод, транскрипция и расчет веса.
Хорошо, все это сказано, каков процесс установки Biopython
Установка Биопитона
-›Короткая версия: перейдите на нашу страницу загрузок (http://biopython.org/wiki/Download), загрузите и установите перечисленные зависимости, затем загрузите и установите Biopython.
-›Biopython работает на многих платформах (Windows, Mac, а также на различных версиях Linux и Unix).
-›Для Windows мы предоставляем предварительно скомпилированные установщики, запускаемые по щелчку
-›для Unix и других операционных систем вы должны установить из исходного кода, как описано в прилагаемом файле README. Обычно это так же просто, как стандартные команды:
сборка python setup.py
тест python setup.py
установить sudo python setup.py
(На самом деле вы можете пропустить сборку и тестирование и перейти сразу к установке, но лучше убедиться, что все работает.) Более длинная версия наших инструкций по установке охватывает установку Python, зависимостей Biopython и самого Biopython. Он доступен в форматах PDF (http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.pdf) и HTML (http://biopython.org/DIST/docs/). install/Installation.html).
Мои слова зрителям
Если вы биоинформатик, обязательно попробуйте Biopython, это принесет вам много пользы.
Спасибо, что читаете и распространяете знания
